期刊論文

1.Yaotang Peter Lin (2019). "The development of Catholic-State relations: harmony or conflict", Asian Education and Development Studies, Vol. 9 No. 3, pp. 349-361.

2.林耀堂。2019。台灣天主教高等教育：身分認同與平信徒領導。哲學與文化，第四十六卷第一期，頁33-50。A & HCI (ISSN1015-8383)

3.林耀堂、梁潔芬。2016。蘇雪林與鲁迅：宗教文化與政治文化相遇。哲學與文化，第四十三卷第十二期，頁141-156。A & HCI (ISSN1015-8383)。

4.林耀堂。2014。初探靈性教育理念融入天主教高等教育課程與教學的價值。《全人教育學報》第十二期。頁1-32。(ISSN1995-2937)

5.林耀堂。2013。文藻外語學院3L人才培養理念之研究。《朝陽人文社會學刊》第十一卷第一期。頁1-27。(ISSN1684-6443)

6.林耀堂。2012。師生對宗教團體創辦高等教育機構的看法之研究──以天主教輔仁大學為例。《全人教育學報》第十期。頁45-104。(ISSN1995-2937)

7.林耀堂。2011。「天主教大學憲章」影響台灣天主教高等教育經營管理之研究。《全人教育學報》第八期。頁33-66。(ISSN1995-2937)

8.林耀堂。2008。市場化對天主教高等教育治理與發展之影響。《比較教育》期刊，第64期。頁117-156。

9.林耀堂。2004。思維模式在學校組織弔詭領導的應用——以阿多諾的「非同一性思維」深化並提昇「競值途徑」為例。國立台北師範學院學報，第十七卷，第二期，頁131-152。

專書篇章

1.林耀堂。2020。〈台灣天主教高等教育在大中華區的貢獻〉。《台灣天主教研究：誕生、成長及發展》。輔大神學叢書141。台北：光啟文化。頁193-224。（ISBN:978-957-546-923-8）

2.Lin, Yao-Tang Peter & Leung, Beatrice (2018). “Taiwan Catholic Higher Education: Its Contribution to the Greater China Region”, in Francis So, Beatrice K. F. Leung, Ellen Mary Mylod (Eds.), The Catholic Church in Taiwan: Birth, Growth and Development, pp.153-177. New York: Palgrave Macmillan. ISBN 978-981-10-6665-8 (eBook)

3.林耀堂。2015。〈天主教教育宣言〉與〈天主教大學憲章〉對台灣天主教高等教育之啟發。《明燈不熄－天主教教育宣言五十年特刊》。輔仁大學。頁69-104。（ISBN:978-986-6197-57-4）

4.〈大一年及生活學習圈〉。《大學3.0(下)》。教育部。頁55-74。（ISBN:978-986-04-2436-2）。

5.林耀堂。2013。開放性思維的天主教高等教育。台南：聞道。(ISBN 978-986-6125-38-6)

6.林耀堂著，張雪梅、劉若蘭主編。2011。以專業發展為基礎的大學課外活動方案學習成果之研究—以文藻外語學院為例。2011年『高等教育與學生事務』。國立台灣師範大學公民教育與活動領導學系出版。頁121-140。（ISBN:978-957-752-646-5）。

7.林耀堂。2012。文藻外語學院3L人才培養理念之研究。第八屆兩岸外語教學研討會論文集。

8.林耀堂。2001。全人教育的教育哲學基礎－－兼論批判理論的教育哲學觀。哲學雜誌（35）32-53。

9.李文瑞，林耀堂。2001。臺灣天主教會學校的生命教育－－檢視其生命教育的推展及其特性。哲學雜誌（35）54-74。

研討會論文

1.林耀堂。2018。台灣天主教高等教育的身分認同及其平信徒領導之挑戰與因應。第九屆天主教國際學術研討會─天主教大學精神與理想及其歷史發展與現實。輔仁大學主辦。(2018年5月4~5日)。

2.林耀堂。2017。單樞機對真福山「生命探索營」的構思與實踐之探討。紀念單樞機逝世五週年學術研討會。輔仁大學主辦。(2017年10月6日)。

3.林耀堂、梁潔芬。2016。蘇雪林與鲁迅：宗教文化與政治文化相遇。第七屆天主教國際學術研討會─第三個千禧年：教會本地化。輔仁大學主辦。(2016年5月6~7日)。

4.林耀堂。2016。通識教育課程的核心能力與學習成果之評估－以文藻外語大學為例。2016通識教育發展與革新學術研討會。長榮大學主辦。(2016年3月4日)。

5.林耀堂。2012。天主教學校課程教學如何融入靈性的教育理念。靈性教育與全人教育課程理念之實踐研討會。文藻外語學院主辦。(2012年11月9日)。

6.林耀堂。2011。矛盾統一的教學設計之策略與方法在全人教育課程教學實務之運用。2011年文藻外語學院「全人教育課程理念與教學實務研習會」。文藻外語學院主辦。(2011年11月18日)。

7.林耀堂。2011。文藻外語學院3L人才培養理念：課程教學與課外活動相結合。第八屆兩岸外語教學研討會。(2011/10/15~16)。

8.林耀堂。2010。天主教高等教育機構教師發展之研究－－以台灣文藻外語學院為例。「第二屆東亞教師教育研究國際研討會」（The 2nd East Asian International Conference on Teacher Education Research）。香港教育學院主辦。（2010年12月15-17日）

9.林耀堂。2010。大學生以專業發展為導向的課外活動模式之研究。2010年『高等教育與學生事務』國際學術研討會。國立台灣師範大學公民教育與活動領導學系主辦。（2010年5月28日至29日）。

10.林耀堂。2008。發展大學新鮮人英語學習之研究：以文藻外語學院「英語初戀營」為例。2008全國學生事務實證研究學術研討會。長庚技術學院主辦。（2008/11/21）。

11.林耀堂。2007。市場化對天主教高等教育治理與發展之影響。「高等教育治理與發展之各國經驗分析與比較」國際學術研討會。中華民國比較教育學會主辦。（2007/12/8~9）。

12.陳立言、林耀堂。2006。生命教育在技職校院推動之經驗-以文藻外語學院為例。全國技專校院通識教學研討會：生命教育之理論與實務。中臺科技大學、輔英科技大學主辦。（2006/12/13~14）。

13.林耀堂。2006。天主教高等教育精神傳承的挑戰與轉型：以美、台三所吳甦樂會大學為例。文藻外語學院95 學年度「提昇教師教學品質學術成果發表會」，教務處主辦。（2006/09/08）。

14.林耀堂。2004。高等教育組織變革的理論基礎。輔仁大學第三屆教育領導與發展學術研討會。( 2004/04/28)。

15.林耀堂。2003。全球化對台灣高等教育政策與管理的衝擊及回應。「全球化與教育競爭力—比較教育的觀點」國際學術研討會，中華民國比較教育學會主辦。( 2003/12/6~7)。

16.林耀堂。2003。個人的思維模式在學校組織弔詭領導的應用——以阿多諾的「非同一性思維」深化並提昇「競值途徑」為例。第二屆臺灣博士生教育行政學術論文研討會， 台南師範學院主辦。（2003/11/21）。

17.林耀堂、蔡介裕。2003。生命議題的「全」與「通」－－文藻「全人發展」課程在通識教育的實施與展望。文藻第一屆通識教育跨族群學術研討會。（2003/10/03）。

18.林耀堂。2003。以平衡計分卡的策略思考方式落實校園的德行教育。海軍官校第一屆德行教育與軍事專業倫理學術研討會。（2003/09/26）。

19.林耀堂。2003。台灣地區宗教關懷事業的回顧與前瞻－－以天主教教育關懷事業為例。輔英科技大學二００三全國關懷論文研討會。（2003/09/24）。

20.林耀堂。2001。全人教育與生命教育的關連及實踐－－文藻外語學院「人格修養」課程的實施。文藻外語學院全人教育學術研討會。（2001/10/18）。